Schon vor 5000 Jahren war die Gemeinde Seedorf besiedelt. Aus der jüngeren Steinzeit sind Pfahlbausiedlungen am Lobsigensee bekannt. Ausgrabungen in den Jahren 1909 sowie 1953 förderten wertvolle Funde wie Werkzeuge aus Knochen und Stein, Waffen und Geräte, Samen und Hülsenfrüchte sowie Knochen zu Tage. Heute zählt der Lobsigensee dank dieser Funde zum Unesco Weltkulturerbe.
Soweit bekannt ist, siedelten sich die Alemannen sippenweise an, vermutlich durch Bildung kleiner Dörfchen. Vom Namen der Sippenführer erhielten auch die Siedlungen ihre Namen. So hat zum Beispiel Lobsigen seinen Namen vom Sippenführer Lobizo erhalten. Mit der Endung -ingen sind jeweilen die Nachkommen der Sippe gemeint. Seedorf erhielt seinen Namen wegen des Sees, obschon er heute als Lobsigensee bezeichnet wird. Die höhergelegenen Dörfer Baggwil, Ruchwil, Dampfwil und Frieswil sollen etwas später entstanden sein. Die Herkunft ihrer Namen wird verschieden gedeutet.
Nach der Reformation 1528 wurde das Gebiet des Klosters Frienisberg zur Landvogtei Frienisberg erklärt. Diese gehörte zum Landgericht Zollikofen. Aus den angesehensten Bauern wurde ein Feldweibel gewählt, der sich unter anderem mit Verbrechen befasste. Die Gerichtsverhandlungen fanden im Kloster Frienisberg statt. Die Gerichtsstätte "Stock und Galgen" war unter dem grossen Birnbaum auf dem Grissenberg.
Mit dem Einmarsch der Franzosen 1798 begann auch in Seedorf eine schwere Zeit. Einige Leute zogen aus, um die Heimat zu verteidigen. Die Namen der Gefallenen sind auf dem Denkmal in St. Niklaus und in der Münsterkapelle in Bern zu finden. In den ersten Tagen des Übergangs zogen plündernde Horden auch durch Seedorf. Zudem wurden die Kornhäuser von Aarberg, Frienisberg und Münschenbuchsee von den Franzosen besetzt und die Gemeinde musste Fuhrwerke und Fuhrleute zum Transport der Lebensmittel und Futtervorräte stellen.
Am 9. Mai 1832 erliess der grosse Rat ein neues Gemeindegesetz, das das Ende der burgerlichen Verwaltung der Kirchhöre Seedorf zur Folge hatte. Es entstand nun eine Dreiteilung in Burgergemeinde, Kirchgemeinde und neu entstandene Einwohnergemeinde.
Weitere Seedorfer Geschichten und Anekdoten finden Sie auch im Dorfmuseum Seedorf.
Mehr zu der Geschichte der Gemeinde Seedorf finden Sie in der Dorfchronik. Dieses Buch können Sie online oder am Schalter der Gemeindeverwaltung gegen eine Gebühr von Fr. 10.-- erwerben.